Mục tiêu Quy hoạch tổng hợp lưu vực sông Cửu Long thời kỳ 2021-2030 nhằm bảo đảm an ninh nguồn nước, phân bổ tài nguyên nước một cách công bằng, hợp lý, khai thác, sử dụng hiệu quả nguồn nước ngọt, lợ, mặn gắn với phát triển bền vững tài nguyên nước.