Trong đó, Thông tư bổ sung việc thu phí giám sát chứng khoán phái sinh. Cụ thể, phí giám sát chứng khoán phái sinh đối với Tổng công ty lưu ký và bù trừ chứng khoán Việt Nam (VSDC) là 10% doanh thu giá dịch vụ quản lý vị thế/giá dịch vụ bù trừ và giá dịch vụ quản lý tài sản ký quỹ.

Tương tự, phí giám sát chứng khoán phái sinh đối với Sở Giao dịch chứng khoán là 10% doanh thu giá dịch vụ giao dịch chứng khoán phái sinh.

Thông tư còn bổ sung việc thu phí giám sát hoạt động chứng khoán đối với ngân hàng thanh toán. Trong đó, đối với cổ phiếu, chứng chỉ quỹ, chứng quyền có bảo đảm, mức thu phí giám sát là 0,001% giá trị bù trừ, thanh toán ròng/ngày thanh toán và tối đa 1 triệu đồng/ngày.

Đối với trái phiếu doanh nghiệp, mức thu là 0,0001% giá trị bù trừ, thanh toán ròng/ngày thanh toán, tối đa 100.000 đồng/ngày.

Ngoài ra, một số loại phí, lệ phí vẫn được giữ nguyên mức thu như lệ phí cấp giấy phép thành lập và hoạt động công ty chứng khoán 20-100 triệu đồng/giấy phép; lệ phí cấp giấy phép thành lập và hoạt động công ty quản lý quỹ đầu tư chứng khoán, công ty đầu tư chứng khoán là 30 triệu đồng/giấy phép...

Thông tư hướng dẫn người nộp lệ phí phải nộp toàn bộ số tiền lệ phí khi được cấp giấy phép, giấy chứng nhận hoạt động trong lĩnh vực chứng khoán cho Ủy ban Chứng khoán Nhà nước.

Theo đó, định kỳ chậm nhất là ngày thứ hai hàng tuần, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được trong tuần trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước.

Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí thu được theo tháng và quyết toán năm theo quy định tại Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020 quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.

Tổ chức thu phí phải nộp 30% số tiền phí thu được và 100% số tiền lệ phí thu được vào ngân sách Nhà nước; 70% số tiền phí thu được còn lại được

Tổ chức thu phí được để lại 70% số tiền phí thu được, để sử dụng theo quy định tại Nghị định số 120/2016 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và Lệ phí.