Các đại biểu tham dự Phiên họp. Ảnh: Media Quốc hội.

Bộ trưởng Nguyễn Văn Thắng nêu rõ, sau khi Luật Thuế giá trị gia tăng hiện hành có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2025, Chính phủ, Bộ Tài chính đã nhận được nhiều kiến nghị phản ánh của hiệp hội, các doanh nghiệp về vướng mắc của chính sách thuế giá trị gia tăng đối với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi và điều kiện hoàn thuế.

Vì vậy, để giải quyết các vướng mắc bất cập từ thực tiễn, tháo gỡ điểm nghẽn do nguyên nhân từ quy định pháp luật như tinh thần Nghị quyết 66 của Bộ Chính trị, trong bối cảnh nhiều địa phương trên cả nước đang chịu hậu quả thiên tai, bão lũ cần sớm khôi phục hoạt động sản xuất kinh doanh, đặc biệt là lĩnh vực nông nghiệp thì cần phải sửa đổi ngay một số quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng.

Theo Bộ trưởng, dự thảo Luật sửa đổi 3 nội dung chính.

Thứ nhất, đưa lại nội dung đã được quy định từ năm 2014 về việc doanh nghiệp hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã không phải tính thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào khi bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác.

Quy định này đã được thực hiện ổn định nhiều năm, bảo đảm không vi phạm nguyên tắc của thuế giá trị gia tăng, đồng thời không làm ảnh hưởng đến số thu ngân sách nhà nước. Bên cạnh đó sẽ góp phần làm giảm bớt gánh nặng về thủ tục hành chính cho doanh nghiệp, đồng thời góp phần hỗ trợ hoạt động xuất khẩu nông lâm, thủy sản khi doanh nghiệp không phải ứng trước tiền để nộp thuế, sau đó lại làm thủ tục hoàn thuế, tránh lãng phí thời gian và chi phí cơ hội của doanh nghiệp.

Hiện nay, theo số liệu báo cáo của các doanh nghiệp, ngành chè, ngành cà phê phải ứng ra khoảng 5.000 tỷ đồng, ngành lương thực là khoảng 2.016 tỷ đồng, ngành hồ tiêu và cây gia vị là khoảng 2.162 tỷ đồng để nộp thuế giá trị gia tăng, theo Bộ trưởng.

Thứ hai, lược bỏ nội dung sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi, dược liệu thì áp dụng thuế suất giá trị gia tăng theo mức thuế suất quy định cho sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản đang quy định tại khoản 5 điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng hiện hành.

Mục đích để đảm bảo việc áp dụng thuế giá trị gia tăng đồng bộ theo quy định của pháp luật về thức ăn chăn nuôi, bảo đảm bình đẳng với thức ăn chăn nuôi nhập khẩu do thức ăn chăn nuôi nhập khẩu không chịu thuế, còn thức ăn chăn nuôi sản xuất trong nước có thuế giá trị gia tăng đầu vào 5% nên phải tính vào chi phí làm tăng giá bán.

Quy định này sẽ tháo gỡ khó khăn cho sản xuất nông nghiệp, nhất là trong bối cảnh ngành nông nghiệp bị ảnh hưởng nhiều từ hệ quả của thiên tai, mưa lũ kéo dài, Bộ trưởng nêu rõ.

Thứ ba, lược bỏ quy định về điều kiện hoàn thuế: Người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai nộp thuế tại điểm c, khoản 9, điều 15, Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024. Khi sửa luật vào năm 2024, quy định này được xác định là một trong những giải pháp về quản lý thuế nhằm phòng chống gian lận trong hoàn thuế trong khi chưa sửa đổi các quy định về quản lý thuế.

Hiện nay, tại dự thảo luật quản lý thuế sửa đổi đang trình Quốc hội thông qua tại kỳ họp này đã bổ sung các quy định nhằm quản lý thuế chặt chẽ hơn đối với người nộp thuế để đảm bảo thu đúng, thu đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước và quản lý chặt chẽ hơn trong hoàn thuế cũng như là công tác kiểm tra người nộp thuế.

Do vậy, đề nghị không quy định nội dung này tại Luật Thuế giá trị gia tăng và việc kiểm tra giám sát hoàn thuế được thực hiện thống nhất theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, Bộ trưởng báo cáo.

Bộ trưởng Tài chính Nguyễn Văn Thắng. Ảnh: Media Quốc hội.

Trình bày nội dung thẩm tra, Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế và Tài chính Phan Văn Mãi cho biết, nhiều ý kiến trong Ủy ban cho rằng, tại kỳ họp này, chưa thật sự cần thiết trình Quốc hội sửa đổi Luật. Trong trường hợp phải xử lý ngay các điểm nghẽn (nếu có) và để linh hoạt, Chính phủ có thể chủ động ban hành Nghị quyết của Chính phủ theo quy định của Nghị quyết số 206/2025/QH15 để xử lý khó khăn, vướng mắc do quy định của pháp luật, báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Quốc hội tại kỳ họp gần nhất và đánh giá toàn diện sau thời gian thực hiện để đề xuất sửa Luật chính thức (trong trường hợp cần thiết) trước tháng 3/2027.

Tuy nhiên, để tháo gỡ vướng mắc kịp thời cho doanh nghiệp và đang trong kỳ họp thứ 10, Ủy ban Thường vụ Quốc hội thống nhất trình Quốc hội xem xét hồ sơ dự án luật tại kỳ họp này. Chủ nhiệm Uỷ ban Kinh tế và Tài chính nhấn mạnh, đề nghị cơ quan soạn thảo đánh giá kỹ, lường trước và làm rõ các rủi ro, gian lận và khoảng trống pháp lý cho cán bộ trong công tác hoàn thuế giá trị gia tăng có thể xảy ra. Các biện pháp xử lý và trách nhiệm của cơ quan quản lý Nhà nước trong trường hợp phát sinh gian lận hóa đơn hoàn thuế giá trị gia tăng gây thất thu cho ngân sách.