Vẫn tồn tại nhiều đơn vị sự nghiệp công lập trong cùng một bộ, ngành, lĩnh vực, trên cùng địa bàn có những nhiệm vụ còn chồng chéo, nhiều đơn vị sự nghiệp công lập chưa thể thích nghi ngay với cơ chế tự chủ.