Tại kết luận này, thanh tra Chính phủ cho biết việc mua sắm trang thiết bị, vật tư y tế, sinh phẩm, kit xét nghiệm, vaccine, thuốc phòng, chống dịch Covid-19 tại Bộ Y tế và một số đơn vị thuộc Bộ cơ bản thực hiện theo đúng trình tự, quy định, thủ tục mua sắm quy định, đáp ứng yêu cầu phòng, chống dịch.

Bên cạnh những kết quả đạt được, quá trình thực hiện còn có nhiều thiếu sót, sai phạm trong công tác quản lý, tổ chức mua sắm.

Theo đó, Bộ Y tế chưa thực hiện mua sắm tập trung đối với danh mục tài sản do Bộ ban hành theo quy định tại Nghị định số 151/2017/NĐ-CP. Bộ Y tế cũng đã thiếu sót khi ban hành Quyết định số 1367/QĐ-BYT ngày 23/2/2021 bãi bỏ danh mục tài sản mua sắm tập trung của Bộ nhưng không gửi các đơn vị trực thuộc và Kho bạc Nhà nước để kiểm soát chi, dẫn đến một số gói thầu bệnh viện trực tiếp mua sắm chưa được Kho bạc Nhà nước chấp nhận thanh toán, nhà thầu đề nghị tính lãi chậm trả.

Việc chỉ đạo, hướng dẫn mua sắm trang thiết bị y tế có trường hợp còn chậm, chưa kịp thời tháo gỡ khó khăn tại các bệnh viện khi thực hiện (Bệnh viện K, Bệnh viện Nhi Trung ương, Bệnh viện Phổi Trung ương).

Việc thẩm định, phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu mua sắm kéo dài, dẫn đến quá trình mua sắm trang thiết bị, vật tư y tế, hóa chất, sinh phẩm, kít xét nghiệm bị chậm, ảnh hưởng đến công tác phòng chống dịch bệnh….

Bộ Y tế ban hành một số văn bản thông báo giá sinh phẩm, trang thiết bị y tế chẩn đoán in vitro xét nghiệm SARS-CoV-2 nội dung không rõ ràng về thông tin "tham khảo", thông tin "giá công bố" tại phục lục văn bản. Điều này có thể gây hiểu nhầm là giá doanh nghiệp công bố hoặc giá Bộ Y tế công bố.

Theo cơ quan Thanh tra, trang thiết bị y tế không phải mặt hàng do Nhà nước quản lý giá nên việc công bố giá bán không thuộc nhiệm vụ, quyền hạn quản lý Nhà nước của Bộ Y tế.

Tại kết luận, thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho chuyển thông tin sang Bộ Công an để xem xét, xử lý theo quy định 3 vụ việc.

Vụ việc thứ nhất là việc thẩm định, phê duyệt giá gói thầu và phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu của Bộ Y tế đối với một số gói thầu có dấu hiệu vi phạm Điều 360 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017. Các gói thầu này gồm Hệ thống nội soi phế quản, model CV-170 của hãng Olympus tại Bệnh viện Trung ương Huế, Bệnh viện Trung ương Thái Nguyên; máy X-Quang di động kỹ thuật số, model FRD Nano/DR-XD1000 của hãng Fujifim tại Bệnh viện Phổi Trung ương, Bệnh viện Trung ương Huế.

Tại vụ thứ 2, việc mượn hàng hoá, mua sắm của Viện Pasteur TP HCM trong giai đoạn 2020 - 2021 có dấu hiệu vi phạm Điều 222 Bộ luật Hình sự về Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng. Trong đó có một số doanh nghiệp cho viện mượn hàng hoá, nhập khẩu hàng như Phương Đông, Phát triển khoa học Vitech, Roche Việt Nam, Phát triển Khoa học Sự sống…

Thứ 3 là Công ty TNHH Thương mại và dịch vụ kỹ thuật Tài Lộc trúng nhiều gói thầu của các bệnh viện thuộc Bộ Y tế với quy mô và giá trị lớn. Tuy nhiên lại mua bán thiết bị qua nhiều khâu trung gian để cung cấp cho các bệnh viện. Việc này đã làm cho giá của thiết bị y tế bị nâng cao bất thường.