Ban chỉ đạo là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, giải quyết những công việc liên quan đến xây dựng, thực hiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quốc gia thuộc tiêu chí dự án quan trọng quốc gia (không bao gồm các dự án đường sắt đô thị).
Ban chỉ đạo do Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà làm Trưởng Ban; Phó Trưởng Ban thường trực là Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Nguyễn Văn Thắng; các Phó Trưởng Ban gồm: Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Chí Dũng; Bộ trưởng Bộ Tài chính Hồ Đức Phớc; Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Trần Văn Sơn.
Các Ủy viên Ban chỉ đạo là đại diện lãnh đạo các bộ, cơ quan có liên quan. Các cơ quan có thành viên tham gia Ban chỉ đạo sử dụng bộ máy hiện có của mình để thực hiện nhiệm vụ giúp việc cho Ban chỉ đạo, hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm.
Ban chỉ đạo có nhiệm vụ đôn đốc các bộ, ngành, cơ quan liên quan thực hiện Kết luận số 49-KL/TW ngày 28/02/2023 của Bộ Chính trị về đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quan trọng quốc gia.
Đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp, cơ chế, chính sách tháo gỡ vướng mắc, huy động nguồn lực, đẩy nhanh tiến độ thực hiện đề án; giúp Thủ tướng điều hòa, phối hợp giữa các cơ quan liên quan giải quyết những vấn đề quan trọng trong thực hiện đề án.
Bên cạnh đó, chỉ đạo các bộ, ngành, cơ quan liên quan thực hiện các công việc như:
Tổ chức thực hiện các nhiệm vụ được giao theo Quy chế làm việc của Ban chỉ đạo đối với đề án; phối hợp tham mưu, đề xuất các giải pháp; báo cáo khó khăn, vướng mắc vượt thẩm quyền và đề xuất các giải pháp trình cấp có thẩm quyền xem xét, giải quyết các bất cập, phát sinh trong thực tiễn (nếu có) liên quan đến việc thực hiện đề án.
Mời các tổ chức, chuyên gia, nhà khoa học tư vấn trong quá trình chỉ đạo thực hiện đề án và thực hiện các nhiệm vụ cụ thể khác do Thủ tướng Chính phủ giao.
Quyết định cũng nêu rõ Bộ Giao thông Vận tải là cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo, xây dựng quy chế hoạt động của Ban chỉ đạo trình Trưởng ban ký ban hành; giúp Trưởng ban xây dựng kế hoạch, chương trình công tác của Ban; chuẩn bị tài liệu, báo cáo và dự thảo thông báo kết luận của các cuộc họp định kỳ hoặc đột xuất của ban; tổng hợp, báo cáo các hoạt động chung của ban và thực hiện một số nhiệm vụ khác do Trưởng ban giao.
Ban chỉ đạo có Tổ Tư vấn giúp việc hoạt động theo chế độ chuyên gia và chế độ kiêm nhiệm do Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Danh Huy làm Tổ trưởng
