Thông tư do Bộ tài chính đưa ra quy định, công tác kế toán thuế là một trong các chức năng quản lý thuế của cơ quan thuế các cấp được thực hiện một cách liên tục và có hệ thống theo các quy trình nghiệp vụ quản lý thuế trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế, trong đó có Phân hệ kế toán thuế.
Quy định nguyên tắc hạch toán kế toán thuế theo kỳ bao gồm thu thập thông tin đầu vào của kế toán thuế, lập chứng từ kế toán thuế, ghi sổ kế toán thuế, lập báo cáo kế toán thuế, lưu trữ và cung cấp thông tin, tài liệu kế toán thuế.
Đối với kỳ kế toán thuế, Thông tư quy định theo năm dương lịch, kỳ kế toán thuế được tính từ đầu ngày 1/1 đến hết ngày 31/12. Kỳ kế toán thuế năm đầu tiên đối với đơn vị kế toán thuế mới thành lập được xác định từ đầu ngày quyết định thành lập mới, chia, tách, hợp nhất, sáp nhập đơn vị kế toán thuế có hiệu lực đến hết ngày 31/12 năm dương lịch.
Kỳ kế toán thuế cuối cùng của đơn vị kế toán thuế khi bị chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, giải thể tính từ đầu ngày 1/1 năm dương lịch đến hết ngày trước ngày quyết định chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, giải thể đơn vị kế toán thuế có hiệu lực. Thời gian của kỳ kế toán thuế năm đầu tiên, năm cuối cùng thực hiện theo hướng dẫn của Luật Kế toán và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Bên cạnh đó, Thông tư cũng nêu rõ nguyên tắc hạch toán theo kỳ. Cụ thể, ngày hạch toán kế toán thuế được xác định là ngày hạch toán ghi sổ kế toán thuế vào Phân hệ kế toán thuế. Ngày thu thập thông tin đầu vào của kế toán thuế phải bảo đảm nguyên tắc ngay trong ngày phát sinh nghiệp vụ quản lý thuế hoặc chậm nhất là ngày liền kề tiếp theo ngày phát sinh nghiệp vụ quản lý thuế. Trừ ngày nghỉ theo quy định thì ngày thu thập thông tin là ngày làm việc tiếp theo của ngày nghỉ đó.
Trường hợp trong thời gian lập báo cáo kế toán thuế phát sinh điều chỉnh các nghiệp vụ quản lý thuế đã được hạch toán vào kỳ kế toán thuế của năm trước, nếu thực hiện trước thời điểm đóng kỳ kế toán thuế thì được hạch toán điều chỉnh vào kỳ kế toán thuế của năm trước và xác định bằng thông tin năm kế toán. Sau thời điểm đóng kỳ kế toán thuế, việc điều chỉnh số liệu thuộc kỳ kế toán thuế của năm trước chỉ được thực hiện theo yêu cầu của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền và theo quy định tại Thông tư này.